Старший сын султана Сулеймана и Махидевран Султан, правитель санджака Манисы.
С детства Мустафа был обожаем простым народом и армией, которые видели в нем первенца, признавая шехзаде законным наследником престола.
В юности Мустафа принимал участие в нескольких завоевательных компаниях своего отца. Сулейман видел в старшем сыне великого воина, который своей суровостью и страстью к военным походам напоминал султану его отца Селима Грозного.
После отъезда Мустафы в Манису, при османском дворе всю полноту власти получили сторонники шехзаде Мехмета (брата Мустафы), возглавляемые его матерью Хюррем султан.
В возрасте 26 лет Мустафа впал в немилость к отцу и был отдален им от власти; его лишили губернаторской должности в Манисе, которой он блестяще управлял на протяжении восьми лет. Отныне губернатором Манисы становится юный Мехмет.
Мустафе досталась должность правителя Амасьи — провинции с более низким статусом, так как по существовавшей в империи вековой традиции наследник должен был править в ближайшей к Константии (Стамбулу) области. Все понимали, что такое назначение ставит под сомнение возможность занятие Мустафой трона после смерти отца. Более того, Амасья была более отдалена, чем даже Конья и Кютахья, где правили другие сыновья Сулеймана и Хюррем султан — Селим и Баязид.
После внезапной кончины шехзаде Мехмета в 1543 году, Хюррем султан всячески пыталась помочь своему сыну, Баязиду, получить статус наследника престола.
В такой ситуации, когда из трёх претендентов на трон двое были сыновьями Хюррем, жизнь Мустафы была в постоянной опасности и его мать, Махидевран султан, стала неусыпно следить за всеми, кто мог причинить вред её сыну.
Существует версия, что Хюррем султан удалось организовать заговор против Мустафы.  Для этого она привлекла своего зятя визиря Рустема - пашу, человека жестокого и честолюбивого.
Заговорщики составили изощренный план, в ходе которого доверенный человек Рустема - паши сообщил престарелому Сулейману о решении янычар возвести на престол шехзаде Мустафу, так как последний был в самом расцвете сил и куда более подходил на пост предводителя османской армии. Кроме того, Европа так же пристально наблюдала за влиятельным шехзаде, проча его в султаны и надеясь на смягчение отношений с воинственной Портой. На тот момент Мустафа как раз достиг возраста 39 лет, который считался самым подходящим для вступления на престол, а его 59 летний отец с трудом оправился от последней болезни. Мустафа имел все задатки хорошего, по меркам османов, правителя: он успешно управлял провинцией, был суров, организован, удачлив в военных походах и поэтому слухи, распространяемые Рустемом - пашой и его приближенными имели под собой основание, тем более что сам Сулейман отказался возглавить армию, и передал все полномочия своему визирю, что было с ним впервые. Командующим предварительно был назначен Рустем-паша.
Рустем-паша стал вновь распространять слухи о недовольстве янычар, требующих, чтобы армию возгавил молодой наследный шехзаде. Доверенный человек Паши передал Сулейману, что шехзаде Мустафа внимательно прислушивался к таким изменческим слухам, и что визирь молит султана ради спасения государства немедленно прибыть в войска и взять командование на себя.
Скорее всего, это был хитрых политический ход со стороны Роксоланы. Ей легко удалось внести сомнения в подозрительную душу Сулеймана, и заронить в нем ненависть к амбициям шехзаде Мустафы, вложив в его голову мысли о том, что его страший сын имеет виды на трон, похожие с тем, которые побудили отца Сулеймана, Селима, сместить с трона, его деда, Баязеда II.
Сулейман всё равно сомневался и медлил с отправлением в поход. Его терзали сомнения, связанные с тем бесповоротным шагом, который ему необходимо было сделать в отношении своего наследника. Чтобы успокоить себя, он попытался получить беспристрастный совет от муфтия, мудрого шейх-уль-ислама.
Но, как свидедетельствуют историки, совет он запросил якобы в отношении другого лица, торговца, который жил в Стамбуле и чье имя произносилось в империи с уважением. Вопрос, на который султан попросил муфтия дать ответ, был следующим: «Какой приговор должен быть вынесен  рабу, который посягнул на имущество и жену хозяина, в его отсутвие?» Муфтий ответил, что по законам ислама, и по его мнению, «этот раб заслуживает быть замученным до самой смерти». Таким образом, получив ответ от знающего мудреца, религиозные мучения султана закончились, и Сулейман лично встал во главе войска.
Во время похода против Сефевидов (Персия) войско остановилось близ Эрегли. Зная это, Рустем - паша предложил воинственному Мустафе присоединиться к армии, одновременно предупредив султана о том, что Мустафа намеревается убить отца.
Соратники шехзаде, обо всем догадавшись, молили Мустафу запереться в крепости.  По свидетельствам хронистов: «Мустафа, находился перед самым сложным выбором в его жизни: если он придет к своему разгневанному отцу, то подвергнет себя риску, если же откажется, то отец подумает, что сын замыслил недоброе. Шехзаде избрал более отважный и смертельно опасный путь». Он поехал в стан своего отца.
У нас ты не умираешь)